日本殖民者占據臺灣后，首先面對的是臺灣人民的抗日武裝斗爭，這一斗爭以廣大漢族民眾為主體，雖然時有原住民的加入，但相對而言無論是人數還是地域上都相當的有限。究其原因，一方面是清代以來漢族與原住民族間的隔閡尚未完全消除，聯合行動有著一定的障礙，另一方面是日本殖民主義的鐵蹄在占領初期專注于對平原地帶漢族抗日武裝的鎮壓，無暇顧及山地，對山地原住民的沖擊相對較少。更由于從防范漢族與原住民聯合抗日著眼，日本殖民者對漢族和原住民采取了不同的政策，在全力鎮壓漢族人民武裝斗爭的同時，對原住民則實施懷柔政策，首任總督樺山資紀在他的訓示中就多次強調：對于土著“須以愛育撫綏為主”。參考藤井志津枝《日據時期臺灣總督府的理蕃政策》，文英堂出版社，臺北，1997，第3頁

　　生蕃賦性雖極蒙昧愚魯，然猶存固有之風，一令其心懷惡感，則日后無法挽回。——果欲開拓本島，必須先令生蕃馴服，——本總督欲以綏撫為主，以期收效于他日，仰各官員善體此意，訓誡部屬，勿致有誤接遇生蕃之途徑。參考藤井志津枝《日據時期臺灣總督府的理蕃政策》，文英堂出版社，臺北，1997，第3頁。

　　樺山資紀的指令得到了切實地實行，這由恒春支廳長相良常綱的報告中可以看出，其上呈總督府的《臺灣地方出差復命書》曰：

　　原本恒春地方為明治七年(1874年)之役西鄉都督閣下登陸此地征討牡丹蕃之處，據云當時蕃人投降而請軍門向西鄉閣下輸誠，且以手環，誓言永不叛逆，爾來二十余載，蕃人之意向乃不可以昔日測知，因此小官被任命為恒春支廳長之際，當時樺山總督閣下特別留意啟發蕃族之事，指示一旦綏撫之端緒有誤，弊病將層出不窮，東部一帶將因此仍歸于不毛黑暗之蠻域，終使本島之經營受阻，故而再三告諭小官，唯有恒春蕃族之歸順，才能使我軍得以進出卑南臺東。參閱宋龍生《卑南公學校與卑南族的發展》，“國史館”臺灣文獻館編印，南投，2002，第29～30頁。

　　基于以上所述，日本殖民者首先借鑒清代的撫墾局模式，于1896年4月頒布《臺灣總督府撫墾署官制》，設置撫墾署，將原住民的“蕃地”與漢人居住的地區分而治之。撫墾署的主要職責為：一、“蕃人”的撫育、授產、取締;二、“蕃地”的開墾;三、山林和樟腦的制造。日本殖民者對臺灣原住民的重要工作之一，即是廣泛宣傳日本已經是臺灣的新的主人，由新設撫墾署負責他們的生產生活和與漢人的交往。同時利用原有的漢人通事和商人，繼續從事漢蕃交易。日人還挑選人員學習原住民語言，以便在條件成熟的時候拋開漢人通事，直接接觸并控制臺灣原住民。

　　乃木希典總督時期(1896～1898年)，日本殖民者一方面加緊鎮壓臺灣人民的抗日武裝斗爭，另一方面仍然執行對原住民的懷柔政策，他提出的“蕃務”六方針為：矯正原住民的封閉落后思想，嚴禁出草殺人，破除迷信，改良生產生活方式，實地調查原住民地區，開發利用“蕃地”森林物產等。其中“蕃地之踏查及交通”是這一時期的重要內容。基于殖民地治安維持的需要，調查原住民地區地形乃至民情風俗，這些對于總督府把握情報、制定政策及防范漢族武裝集團與原住民聯合抗日，都有著重要的現實意義。

　　第六部分“理蕃政策”的出籠(2)

　　早期的撫墾署本身就兼有調查的職責，在《撫墾署長心得要項》中，規定其職責之一即為“蕃社社名、戶口、風俗之調查”。在強勢軍人總督乃木的主導下，軍隊積極參與了對原住民的調查研究工作，山地道路的開辟以軍隊的工兵負責，鐵道線架設由陸軍臨時鐵道隊擔當，測量則歸陸軍測量隊隨行從事。1897年6月日本天皇就是根據他們的報告將臺灣的最高山峰命名為所謂“新高山”的。藤井志津枝：《日據時期臺灣總督府的理蕃政策》，文英堂出版，臺北，1997，第45頁。此一時期的“蕃情調查”主要內容為：①“蕃社”的名稱、戶口、住宅、道路交通;②各“蕃社”相互間的關系、內部狀況、生產生活方式;③“蕃人”的槍支、彈藥供應;④“蕃人”出草殺人的情況;⑤“蕃人”對撫墾署的看法，對授產及教育的意見;等等。

　　兒玉、后藤時期，日本殖民者改革了原住民管理機構，在辦務署下設第三課，專管“蕃人、蕃地”;辦務署廢止后，原住民事務改由各廳總務課管轄。與此同時，清代的隘勇制也得到了繼承和推廣，1900年4月總督府頒布《隘勇傭使規程》，規定了隘勇的資格、待遇和任務。隘勇住在山區漢蕃交界處，24小時值班巡邏，發現可疑情況應立即通報日本警察，并接受其指揮。如此一來，隘勇制就被綁在了警察的系統之上。1900年底，官辦隘勇數達1593名，在對原住民監視和防范上起了重要的作用。

　　1902年，持地六三郎提出《關于蕃政問題的意見書》，他認為：原住民所在的山地是日本對臺經濟資源開發的對象，“蕃人”則妨礙了日本實現其利益，特別是所謂“生蕃”的出草和反抗行為更是如此。他主張：“國家對此叛逆狀態的生蕃，擁有討伐權，其生殺予奪，只在于我國家處分權的范圍之內”。藤井志津枝：《日據時期臺灣總督府的理蕃政策》，文英堂出版，臺北，1997，第156頁。持地的建議得到了一定程度的采納。1903年，總督府制定《理蕃大綱》：第一，“蕃人”、“蕃地”統歸警察本署掌管;第二，“北蕃”(按指泰雅族)以威為主，“南蕃”(按指布農、鄒、排灣、阿美、雅美、卑南、魯凱等族)以撫為主;第三，對“北蕃”以隘勇線包圍封鎖之。這一時期的“理蕃政策”中，對所謂“北蕃”的防范是重中之重，在經費安排上，“北蕃”經營費遠高于“南蕃”經營費(在后來的佐久間左馬太時代的1906～1910年5年事業計劃中，前者總經費為19379414元，后者為260000元，相比差距高達74倍以上)。溫吉編譯《臺灣蕃政志》，臺灣省文獻委員會，臺北，1957，第711頁。同時，本期總督府的原住民政策有了較大的轉變，即從據臺初期的撫育轉向鎮壓。總的原則是為了配合日本殖民主義對山地資源的掠奪，對于頑強抵抗的原住民予以剿滅，這在1903、1904年警察本署“蕃務會議”上得到直接的體現。緊接著就是各地隘勇線向山地推進，通往山區的道路也開辟起來。

　　對臺灣原住民的剿滅方針體現出了殖民者的殘暴的一面，如宜蘭廳長佐藤有熊下令對出草“蕃人”格殺勿論，鼓勵警察、隘勇和保甲民在山地要道埋伏擊殺“蕃人”，若有殺得頭目者，給賞100元，殺死蕃丁者，給賞50元。看看以下記載，便可了解日人是怎樣鼓勵臺灣人殺害原住民，以達其以臺治臺之目標：

　　明治三十九年八月七日于馬那邦山東方高地探險之際，——下午一點四十分，于我部隊前方約二百公尺處發現有一名蕃人現身，該人(按即苗栗大湖支廳用心山隘監督所臺灣人李九尾)擬立即射擊，但和田警部補叮嚀其應等到近距離。故待其潛進至僅有十一二公尺處再射擊，而一槍貫穿腹部，雖使其行動困難，但仍企圖逃走，隘勇吳阿昂又補上一槍，使其仰面倒下。這時隘勇李九尾沖過去奪下蕃人所攜的蕃刀，割下其首級。

　　以上沉著勇敢之行動實完美的克盡蕃界警備員之職責，符合頒發隘勇有功徽章之內訓第一條第二號，故擬請頒授有功徽章。王學新：《“殺蕃賞”之研究——以竹苗地區為例》，《第三屆臺灣總督府公文類纂學術研討會論文集》，臺灣省文獻委員會，2001。

　　第六部分“理蕃政策”的出籠(3)

　　這名原住民既看不出任何加害于人的意圖，也沒有任何攻擊行為，僅僅因為他是原住民，手上有把蕃刀，就遭到了滅頂之災，讀之令人酸鼻。

　　佐久間左馬太任臺灣總督后，對原住民的政策日趨強硬，上任伊始便積極謀劃對原住民反抗斗爭的鎮壓事宜，并提出了“五年討蕃計劃”，該計劃首先加強山地道路的開拓，建設了貫穿中央山脈南北的隘勇線，甚至鼓勵日本年輕警察與原住民頭目女兒結婚來滲透到內部防范反抗事件的發生。由于歷來倚重隘勇線推進的“理蕃政策”收效甚微，故而“五年討蕃計劃”采取軍事行動強力鎮壓臺灣原住民反抗并加速推動山地資源的開發進程。例如對南投霧社泰雅族原住民的討伐行動典型地反映了日本殖民者的政策轉變過程，明治四十三年十一月，當局在一份電文中稱：

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