中醫在方舟子看來不科學的原因就是中醫這個學問不符合西方從古希臘就遵循的分析的方法，以及近代對科學的過程的定義：觀察——假設——實驗驗證——科學理論。而中醫沒有經歷過這個階段。其次，中意的理論近乎于哲學理論，很玄乎，沒有西方科學那種有概念，判斷，推理，以及可以有實驗室的方法能夠看得見的實體性的物質成分，比如細胞、細胞膜、肽鏈，蛋白質。等等。于是乎，中醫顯然不符合這些標準，甚至是金標準。于是，面對方舟子等反對中醫的人的詰難，支持中醫的人百口莫辯。方舟子等人顯然處于辯論的優勢方。所以，要維護中醫的正確性，就不能落入方舟子等人所設置的圈套，因為你鉆進這個圈套，你就完全被控制住了。　　

既然要跳出方舟子等人設下的圈套，那就必須自己有一套。這里的原因的追索，就遠遠超出了中醫西醫本身十分狹隘的范疇，而涉及到更加廣闊的東西方文化的領域。因為不從這個領域里著眼大文化的產物：西方的醫學理論和東方的醫學理論，就永遠跳不出個子狹隘的圈子，只能毫無意義的相互對立相互攻軒。結果是公說公有理，婆說婆有理。　　

我們知道，西方文化，其實他的源頭不是西方，而是現在的中東，是兩河流域、巴比倫文明、古埃及文明，他包括的地域，不是現在的歐洲。正是兩河流域的文明和埃及文明，影響了地中海地區，影響了這里的希臘和愛琴海一帶的民族，使他們吸收了這些文明，他們的文字，他們的哲學，宗教，數學，天文學以及農業的技術，使得古希臘文明在此基礎上逐漸形成，誕生了現代歐洲文化的源頭——古希臘文明。古希臘文明的最有成就的人就是和蘇格拉底和亞里士多德。其實歐洲現代文明說穿了就是古希臘文明的繼續，無論是歐洲的文藝、哲學、法律、政治、科學，都是與古希臘文化的進一步發揚光大，從而形成了所謂的西方文明。可以說，現代世界的文明無一不滲透著古希臘文明的精髓。這是不可否認的事實。難怪有德國學者說道：我們歐洲人其實都是希臘人。　　

西方的科學文明是在文藝復興之后真正開始的。培根對此貢獻巨大。他奠定了科學的實驗理論基礎。西方人的思維方式，是從分析開始的。及將被思考的對象進行分解，分成各個局部。古希臘的物質的原子學說，就表明了這方面的巨大進步。當然，早期的希臘物質本源的認識與東方水平是差不多的。希臘有原子學說，東方有墨子的“端子”的假說。但西方的分析的、邏輯的思維方式，與東方的思維方式，就有很大差別。東方人習慣于整體的去把握事物。從整體著眼，來把握事物的運行規律和建立理論。從整體來把握事物的運動規律是很難的。因為沒有分析做基礎。所建立的理論，就只有宏觀的理論。中國很早就有易學，是從原始的辯證理論——陰陽理論來解釋事物的整體運行規律。這是一種近乎于哲學的理論。但是，整體理論在宏觀上是正確的，必然在從整體上解釋事物的整體運動規律上也有其正確性。在這里，我們看不到任何一個對象的運動著的原子，看不到生命體的任何一個細胞、蛋白質。但是宏觀上，它逃不脫他的整體運動規律。我們可以看不到任何太陽的核聚變的原子行為，但我們照樣可以根據它的宏觀的運動規律來建立我們的歷法。我們照樣可以從它的宏觀那變化來預知它的未來的變化。　　

現在談談中醫。古代中國沒有解剖學知識，沒有建立基于解剖學基礎之上的生命的觀察而建立的生理學知識。這是中國的科學乃至醫學的不足。但中醫同樣，它的思維方法就是東方的整體思維方法，宏觀的把握事物的思維方法。這種思維方法，使得中國的政治經濟，等等都浸透著他的思維結果，那就是宏觀的觀察結果和理論。這種思維方式的結果是否科學？說到底就是它的結果能不能符合實際？或者用現在非常時髦的術語：能否經得起社會實踐的檢驗？不是說真理的唯一標準時實踐嗎？看來，由于中醫理論不能為我們提供關于人體的細胞的微觀指標、不能提供血壓的生理指標、不能提供X光影像學的指標、更不能提供血液學的一切其他指標，我們自然懷疑中醫的科學性。可是，我們不得不問：早期的西方醫學也有這些指標嗎？沒有。那么，自然，古代西方的醫學也不能是科學？可是西方的現代醫學正是在古代西方醫學的基礎之上建立發展起來的。幸運的是西方的醫學與西方的科學建立了聯系，才進入了所謂的現代醫學。但是，古代西方醫學就沒有治療好病人嗎？沒有現代科學技術，古代的西方醫學就不能治療好病人而立足于古代西方社會嗎？所以，它仍然是科學，不過是有待發展的科學，即使是現代醫學，也是要繼續向前發展的科學。也許一兩百年后那時的人們回過頭來，也許會嘲笑現在的醫學未必就是科學。中醫也是如此。由于中國沒有建立西方的近代科學，因此中國的古老中醫學就沒有與科學結合的機會，也就停留在古代醫學的狀態而沒有變化。但這絲毫沒有妨礙中醫學繼續為中華民族的防病治病而發揮著作用。那中醫是不是科學呢？當然是科學。因為你不能否認古代西方醫學也是科學，是待發展的醫學，是帶有那個時代特征的科學。中醫同樣是如此，是帶有那個時代特征的醫學，是帶有那個時代所能具有的知識的科學的醫學。我們不能用現在的科學知識來否認那個時代的醫學，正如我們不能用現在的知識來嘲笑那個時代的帝王將相的落后。中國的社會落后了，所以沒有建立科學來發展中醫。這不是中醫不科學的理由。其次，中醫的理論是否科學，必須全面的來看待它。方舟子最欣賞的是所謂日本鬼子當年對中醫的態度：去醫存藥。那么好吧，我們就看看中醫在用陰陽理論建立人體的病理生理學說，并且通過這個理論來建立相對應的中藥理論與之匹配方面的驚人的有效性吧！當然，方舟子不懂中醫，沒有中醫的臨床實踐的訓練，他本沒有資格來對中醫品頭論足（極不自量)。中藥的理論就是四氣、五味。中醫根據這個理論，將每一種中藥都歸類于著不同的四氣與五味。這四氣與五味，與中醫的病理生理理論相合，借以正確的選擇相適應藥性的中藥來治療病癥。這四氣五味理論，顯然不是西方分析性思維方式所能理解的。但這是整體性思維方式的必然結果。可見，什么樣的植物、礦物能夠入藥，一點也離不開中醫的理論。中醫的醫理藥理與西方的醫理藥理的關系是一樣的協調的。可見廢醫存藥的態度對待中醫是多么可笑。那么，中醫與中藥是否是統一的協調的理論呢？當然是。藥性一點也離不開對治病的要求。況且，中醫幾千年來對人體的并征得治療實踐，誰又否定的了呢？　　

中醫的建立過程，也是很科學的。首先運用陰陽理論解釋人體的病理生理現象，并運用這個理論解釋，運用與中醫協調的中醫藥理理論選擇相應的藥物來治療疾病。成功治好病了，這個理論就是正確的，就是科學的。難道非要看到細胞、檢測到蛋白質、測量到血壓才能夠叫科學嗎？非要能夠檢測到一個藥物分子能夠和一個靶分子相結合，才能叫科學的藥理作用嗎？檢測不到，就沒有藥理作用？就可以不承認藥物分子與靶分子的結合？　　

說中醫理論是臆測的理論，沒法用實驗室來證明，方舟子不是在睜眼說瞎話吧？中醫臨床治病了幾千年了，不是臨床試驗又是什么？這個理論在中國臨床試驗了幾千年，竟被這個瞎子視而不見，愣說沒有經過實驗室檢驗，不是真理，不是科學。方舟子畢竟不是學醫的，不是臨床醫生，他不知道實驗室驗證和醫學的臨床試驗二者的區別。你硬要中醫理論經過實驗室來檢驗，可以，只要科學發展到了能夠建立動物的陰陽病理的動物模型，就可以進行實驗室驗證階段。但這很困難，絕對是中醫科學的難題，也是一般生命科學的難題。難道病人的中醫病理不算模型嗎？臨床這么多的病例，難道臨床的治療效果不可以當成檢驗或驗證的實例嗎？豈不太矯情？　　

方舟子所說的可實驗驗證的要求，不知道是什么實驗驗證。我可以在實驗室里驗證一個臨床酸中毒模型的動物可以被靜脈滴注碳酸氫鈉而使酸性體液重新回歸到正常的體液PH值。中醫照樣可以驗證，前面說了只要能夠建立符合中醫病理理論的動物病理模型，就可以進行實驗室驗證啊！同樣方舟子還可以通過這個動物模型來研究一下各項西醫要求的病理或生化指標。也許方舟子慶幸：你就是建立不出來這個動物模型，因為中醫理論本身就不是科學，當然就不能建立相應的動物模型。如此，方舟子也高興的太早。理由前面說過，不再贅述。其次，中醫的病理生理概念，也是科學的。因為他是可以臨床驗證的。我用這個理論建立了病人的病情分析結論，接著運用這個分析的結論，再運用與中醫醫理協調的中藥藥理理論選擇相應的藥物，結果治好病了，就說明是正確的。這整個過程，完全符合現代西醫的科學要求。難道你非得看見諸如“腎虛”是那條神經有問題？那根血管有毛病，或者那一項血液生化指標有不正常檢測值才能說明“腎虛”？才有一個看得見摸得著的“腎虛的概念”？　　

現在醫學界努力運用當代科學技術來解釋中醫的理論。我想這是一個嘗試。但我并不覺得有可能成功。中醫的病理生理概念就是一個科學的概念。他并不需要由一個類似西醫那樣的實證似的感官的實證要求。他可以有臨床的有效性的實證就可以了。因為中醫與西醫的確是不同的思維方式的結果，或大文化的結果。分析完了要回歸整體。西方的系統論，協同論都是整體科學的嘗試。我看，將來世界文明將會會回歸到中華文明的整體思維方式中來。分析式的思維方式不過是我們整體認識這個宇宙、生命、思維的前導過程而已。整體不是一加一等于二那樣順理成章的事情。一加一有時將是會有十分意外的結果。整體大于個別的相加，這是被學界承認的理論。你知道了人體的細胞結構，就等于了解了細胞的行為嗎？你了解了人體的各系統的解剖結構，你就等于了解了人體了嗎？你知道了恒星，恒星系，你就知道了整個宇宙了嗎？整體有不同于細節的行為模式。整體的行為不是構成整體的組成元素能夠解釋的了的。基因是由單核苷酸構成的序列。但基因的活動非常復雜，他可以自我剪切，自我重組。你看看人類免疫系統的大量的抗體的產生，你就知道基因的重組的復雜性和不可琢磨性。是誰讓他們可以這樣重組基因序列？是DNA的結構單位——單核苷酸告訴基因的嗎？他們有思維？能夠自我有意識的改變自己的序列結構？進化？為什么要進化？方舟子回答一下吧！可見整體不是那么簡單的，難道不是科學？基因的自我重組沒有什么思維的魔力來指揮他，怎么回事？用什么理論來描述這個現象？用宗教的理論還是用其他什么理論？自然現象的深奧，遠比我們人類的淺見薄聞高深的多了。整體不是簡單的一加一的結果，她是整體的結果。是系統的結果，是整體不可能被還原為組成成分的簡單還原論能夠解釋的了的現象。整體理論只能用整體的行為方式來設計他的理論。正如我們觀察社會群體現象時，不可能用個體的行為來簡單解釋整體行為模式一樣。那是同個體行為方式很不同的整體行為方式。方舟子不妨可以去讀一下英國物理學家菲利普-鮑爾所寫的著作《預知社會》（菲利普-鮑爾著 暴永寧譯 當代中國出版社出版 2007年11月版）如何？如果讀過了還在放肆的謾罵中醫是偽科學，我看你也就太不堪了吧！我們用近似哲學而又不是哲學的理論來描述整體現象，就不科學了嗎？聯系到中醫，這個被中國幾千年來證實過的具有整體醫學理論品格的醫學就不是科學了嗎？方舟子失至于淺薄了吧！當然，中醫也有治不了的病癥。比如中醫沒有細菌感染的概念。但是西醫不也是在借用了近代西方的科學技術，由巴斯德發現了微生物才建立了醫學感染的概念嗎？同樣，西醫就包治百病嗎？西醫在面對很多疑難雜癥時簡直就是束手無策。而中醫往往有神奇的療效。這不是科學的又是什么？方舟子如何回答這一現象？方舟子當然不會說西醫治不好病癥就說西醫不科學。那樣會自抽嘴巴。希望方舟子也公平的這樣對待中醫吧！　　

也許方舟子鄙視用中國式的陰陽理論語言來建立中醫的整體醫學的理論。如果是運用西方的語言來建立整體醫學，那不管怎樣都是科學的。也許從這里，我們又看到了另類的崇洋媚外之徒的嘴臉。　　

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