1937年12月24日，隨著蔣介石國民黨的放棄和撤離，日寇分兵三路進入杭州，北路首先從武林門、錢塘門進入市區；東路、西路稍后從清波門、望江門和鳳山門進入市區。
日寇第十軍司令柳川平助將司令部由上海移往杭州，霸占了大學路上的浙大、浙江省圖書館原址。
占領杭州后，日寇隨即開始為期三天的“自由行”——所謂的“自由行”就是允許日軍在杭州城里燒殺搶掠，期間搶到的任何財務不需要充公。
日寇占領杭州期間，進行了無數次屠殺行動，杭州市余杭區喬司街道保慶橋西北側有一座戊寅公墓，俗稱“千人坑”，這是日軍屠殺杭州老百姓的鐵證。資料顯示，日軍“自由行”三日，燒毀房屋7000多間，1360多人被殺害。
王培桂是杭州“自由行三日”的親眼見證者，當年他17歲，晚年回憶時說：
日軍是我見過的最殘暴最野蠻的軍隊，我親眼看到一個村600多人，在一次日軍掃蕩中被屠殺，中國的苦難不堪回首。
有人留下了這樣的詞句：
杭州城內萬戶闔然，行人絕跡，街巷通衢，滿布防御品。而西子湖上畫舫笙舟，亦盡沉水底……
而整個抗戰期間，杭州全市傷亡近5.5萬人，其中致死31859人；因強奸致死、致傷的婦女，共達2500人；全市房屋被毀累計達22萬多間，其中城區毀損房屋為28018間。
著名的《天堂之下》（稱為杭州版拉貝日記）描述的就是美國傳教士、原蕙蘭中學校長克萊頓在杭州的經歷，以大量篇幅描述了日寇在杭州的暴行：
蕭山已被夷為平地，僅第一天就從廢墟里抬出了678具尸體……杭州橫跨錢塘江有一座長達一英里多的橋，是去年十月份才首次啟用，我就是通過那座橋回來的，現在也已成了一片廢墟。
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杭州，不該如此。
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