從2004年開始，國家對種糧農民實行了糧食直補政策，隨后還增加了良種補貼、農資綜合補貼等，大大地激發了農民們的種糧熱情，為促進糧食生產、農民增收和確保糧食安全起到關鍵作用。但是，在連續幾年的實施過程中，仍然存在著不少不盡如人意的問題，需要有關部門進行改進、完善。
一、 存在的主要問題
1、種糧補貼變成了“農田補貼”，違背了國家出臺種糧補貼政策的初衷
關于糧食直補，雖然各地在名義上都要求按照農民實際播種糧食作物的面積進行補助，但在實際操作過程中，由于種種原因，大部分地方都是按照農民所耕種的土地面積進行補助的，結果使一項本來只應該針對糧農的優惠政策，變成了一項針對全體農民的平均主義的普惠政策。農民該種什么還種什么，該怎么管理還怎么管理，甚至該撂荒的還照樣撂荒，大大削弱了該項政策對糧食生產的促進作用，沒有起到應有效果。還有的人認為：反正是針對農民的補貼，只要補到農民手中算完事。但筆者認為這是一項激勵政策，而不是一項救助政策，即使是屬于救助政策，那也應該按全體農民的數目進行補貼，那樣豈不是更為公平？而且，那些失地的、少地的農民不是更需要救助嗎？
良種補貼政策也是基本如此：2009年以前，由于良種補貼面積較小，還有一部分種糧農戶根本享受不到良種補貼的優惠，但從2009年起，國家對一些主要糧食作物實行了良種補貼全覆蓋政策，即良種補貼面積與糧食直補面積相同。而在實際操作中，大多數縣市把此項政策又變成了一項普惠性政策，良種補貼款雖然被劃撥到農民賬戶上，但農民購不購種子、購什么品種，完全由農民自己決定，可以這樣說，良種補貼款的這種發放方式，是基本起不到促進良種普及和推廣作用的。有的農民根本不知道戶頭上多出來的錢是干什么用的，還以為是糧食直補款翻了一番呢！
2、 一部分特殊的糧田仍然無法得到糧食補貼優惠
在實際執行種糧補貼政策的過程中，一般都會出現這樣的情況，即上面撥付的補貼資金較少，而下面報上來的糧食種植面積又較大。為此，國家及省級部門都在文件中都明確要求不足部分由各地方財政負擔。但有的地方由于財政困難，實在無力承擔這筆費用，無奈之下就出臺了各種應對策略，其中一個是按照比例進行補貼，比如上面撥了100畝的補貼款，而農民實際報上來的面積是150畝，那么就按照1∕1.5的比例進行補貼，就是說一個農民雖然種了1.5畝地的糧食，但實際領到手的補貼款卻只是1畝地；還有一種辦法是在上級政策之外再附加條款，比如某縣就出臺了“三不補”政策，即復墾地和新開墾的灘、溝、坡、荒地不補、在經濟林中種植糧食作物的（比如棗糧兼作）不補、退耕還林后又種植糧食作物的不補，等等。
3、 對種糧大戶缺乏支持，不利于規模經營
種糧大戶多是在剛開墾的溝、坡、荒、灘地上種植糧食作物的，這些剛開墾的土地由于土壤瘠薄、水利設施跟不上等原因，可能效益更差，按理說更應該進行補貼，但是它們偏偏被個別的地方條款，比如前面提到的“三不補”條款，擋在了種糧補貼政策的大門外，享受不到政策的優惠，對保護種糧大戶的積極性非常不利。另外，由于土地流轉，一部分留守農戶租種了進城打工農民的地塊，但種糧補貼款卻被劃歸到土地原始承包人的名下，真正的種植農戶卻享受不到補貼，這也影響到他們規模種植糧食作物的積極性。
4、 缺乏必要的配套辦公經費
由于糧食補貼的種類比較多（有直補、良種補、綜合補等），涉及面廣（幾乎涉及每個農民），統計比較困難，程序比較繁瑣，需要層層開會、宣傳發動、部署督察，需要印制和填報大量表冊，因此需要較多的人員和適當的配套經費。但是國家和省級部門根本沒有配備這方面的經費，一些地方政府或者根本不配備，或者只少量配備一點經費，給此項工作的開展帶來了非常大的困難。基層農業部門為了節省經費，只得簡化步驟，有的甚至根本不進行面積的核查和統計，只按照上年報送的面積發放補助款，有的在補貼資金出現不足時干脆按照比例發放，不少地方是把所有的補助款一次性捆綁發放。有的鄉、村干部由于沒有辦公經費，經常要自掏腰包，所以就沒有積極性，工作不負責任，在發放補助款的過程中常常出現遺漏或面積不符等現象。
5、生產資料價格上漲抵消了糧食補貼政策帶給農民的部分實惠
近幾年，農資產品價格，特別是化肥產品價格上漲過快的現象比較普遍，農民對此反響較大，在一定程度上影響到農民種糧積極性。從2004年糧食直補的政策出臺后，種子、化肥、農藥等生產資料價格就水漲船高，雖然在2006年國家又出臺了農資綜合補貼和良種補貼政策，但仍跟不上農資價格的上漲速度，特別是2008年的前三個季度，碳酸氫銨、尿素、過磷酸鈣、氯化鉀等農資產品與2007年同期相比分別上漲了38.8％、25.2％、80.8％和78.5％，把各類型化肥價格進行綜合分析，化肥價格上漲達到了55.8％。這樣，我們就明白國家對種糧農民的補助已經部分被價格不斷上漲的農資所抵消，甚至還不足以抵消。有農民反映：“原來每畝種地成本只有100多元，現在每畝的種地成本是200——300元，跑去國家為每畝小麥補助的71元，每畝地還是多投入了30——130元。”
6、種糧補貼款在發放過程中存在漏洞，給涉農腐敗以可趁之機
由于此項政策的惠及面廣，工作量大，而參與此項工作的人員相對較少，因此盡管有村級公示、上級核查等程序，但有的鄉、村干部卻不認真開展工作，流于形式，給某些腐敗分子以可趁之機。盡管人人都明白“糧食補貼政策是高壓線，糧食補貼款碰不得”的道理，但還是有個別鄉鎮干部和村干部抱著僥幸心理，相互勾結，采取虛報冒領方式，合伙侵吞國家補貼款。
另外，在前幾年良種補貼的種子招標中也存在有暗箱操作現象，一些地區所中標的糧食作物種子并不全是新優品種，比如在2008年，某縣所補貼的小麥種子多是老品種，雖然補貼后的價格與商品小麥價格相當，但農民還是不愿意購買，有個別村子干脆由面粉廠統一購買當成普通商品小麥處理，而農民要買新品種照樣得掏高價。
二、 幾點建議
鑒于以上種種原因，筆者認為：為了真正促進糧食生產，切實保證農民增收和國家糧食安全，國家應該盡快完善糧食補貼的配套措施，不斷細化和改進糧食補貼的操作程序，并不斷增加糧食補貼的額度，鞏固現有成果并繼續擴大戰果。
1、繼續實行糧食保護性收購政策，逐步提高糧食價格
實行糧食保護性收購政策是確保國家糧食安全、促進糧食生產的一條最有效的途徑，遠比種糧補貼政策來的有效。建議在一定時期內，國家要堅持糧食最低保護價收購政策，并繼續附之以各種其它種糧補貼政策，切實保證國家糧食增產和糧農增收。
2、 保障糧食補貼工作中所必須的辦公經費
糧食補貼工作涉及面廣，工作量大，參與人員多，所需的辦公經費必須得到保證。建議上級政府在撥付補貼資金時，應該按比例隨同撥付相應的辦公費用，或者在糧食補貼文件中明確規定由誰出這部分資金、出多少等等，并加強監督，甚至列入財政計劃，總之要采取種種措施，一定要保證足額經費，充分調動廣大工作人員的積極性，杜絕因缺乏工作經費而挪用補貼款的事情發生。
3、適當增加農民種糧的補貼標準，并逐年加大
建議國家應實行持續穩定的種糧補貼政策，并隨著物價的提高，特別是農資價格的提高，不斷調高補貼標準，從而真正增加糧農收入，保護糧農從事糧食種植的積極性。
4、按照實際播種面積進行補貼
袁隆平院士曾提出要按照農民的交糧數量進行補貼，此方案雖然能真正起到調動農民積極性的作用，但是在操作中卻更容易出現漏洞，難于監督和管理，比如糧食收購部門可以通過與種糧大戶的聯手，多次買進賣出糧食，套取國家補貼。另一方面，農民為了得到全部的補貼款，將本來應該自己保存的口糧也上交到糧庫，然后又從糧店購出，無形之中增加了運輸和保管成本，特別是國家還要因此擴建新的糧庫用于農民口糧的保存等等，因此筆者認為，袁隆平院士的提議并不現實。
如果按照農民所擁有的耕地面積進行補助的話，在操作上是簡便易行一些，仍體現不出政策對糧食生產的促進作用，也不宜采用。
但要按照實際播種面積補貼，由于年年都有變化，必須首先要解決面積丈量的難題，建議今后要為參與此項工作的單位配備衛星定位裝置，以方便對農戶的種糧面積進行統計、核查和監督。
5、可以考慮對農村專業種植合作社和種糧大戶進行更為優惠的補助，以促進其規模化經營
現行的糧食補貼政策應盡快走出救助性或福利性發放的誤區，讓所有的種糧大戶和農村種植專業合作社共同沐浴在糧食補貼政策的陽光里。建議今后不但要對他們實行補助，而且要增加補助額度，充分調動他們的積極性，促進規模化種植。
6、加大對不負責任、騙取補貼資金行為的打擊力度
建議各地要打防結合，雙管齊下，嚴防死守，杜絕此類腐敗事件發生。一方面從防字入手，對補貼面積的統計、核查和村級公示等程序做出規范，要設立舉報電話和公示意見簿，要組織縣、鄉工作人員通過檢查、抽查、調查走訪等方式，及時掌握情況，聽取農民群眾意見，從源頭上有效防止虛報冒領現象。另一方面，必須加大對此類違法犯罪行為的打擊力度，鄉鎮、農業部門、紀檢監察等部門要加強聯系協作和信息溝通力度，形成打擊合力，對存在的違法案件，不能姑息養奸，發現一起，查處一起，對尚未構成犯罪的，要給予黨紀政紀處分。
7、抑制由種糧補貼政策所引發的農資價格上漲現象
化肥、種子、農藥等農資產品常常搭著糧食補貼政策的順風車而抬高價格，建議物價部門要加強對農資價格的監管力度，一是要與相關部門做好信息溝通，強化對化肥市場價格的監測和預警，增強調控的預見性；二是要加強對農業生產資料出廠和進口環節的價格管理，從源頭上抑制農資價格上漲；三是要規范市場秩序，嚴肅查處農資生產企業和銷售網點不執行國家規定的優惠價格政策、不執行政府指導價、違反規定擅自提價、突破經營差率、 變相提價等價格違法行為。
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