為什么中國在近代轉型過程中，保住了新疆，卻沒有保住蒙古?大概翻了翻前面的回答，各有千秋，但我認為主要的應該是下面的三個原因。
第一個，前面有人提到的，帝國主義勢力均衡的問題。
新疆靠近中亞，英俄都想染指，所以很難一方獨吞，蒙古不同，只有俄國虎視，日本當時還只是心里想想，手伸不了那么遠。所以，一旦中國有變，蒙古會被俄國吞并，但是新疆因為英俄相互掣肘，就不大會被一方獨吞。
但英國在中國的利益更多的是商業利益，主要集中在沿海和長江流域，相比之下，保住這些利益更重要，西藏主要是戰略價值，只要保證中國或者俄國不囤積重兵，威脅到英國在中亞和印度的利益就可以。而俄國不同，俄國和我國大面積接壤，更多的是表現為領土野心。
所以，當清朝滅亡機會窗口出現的時候，俄國的反應是在邊境地帶擴張勢力影響，而英國則希望中國能夠盡快穩定下來，保證他們在沿海地區和長江流域的商業利益。
第二個，清朝對新疆和蒙古的重視程度不同。
對清朝來說，蒙古是“自己人”，是絕對不能放棄的，也絕對不能允許漢人染指，這個政策貫穿整個清朝。所以，蒙古的開發很晚，差不多到1907年之后，才開始在東北和內蒙一些地方對漢人墾荒弛禁，而且是嚴格控制規模的，隨時準備后退。
新疆就不同了。對清朝來說，新疆是遙遠的地方，是可進可退的地方。只要保持新疆大體穩定，也沒有比較強勢的勢力崛起，不威脅到蒙古的安定，也沒有比較強勢的勢力崛起，威脅清朝對蒙古的統治，清朝對新疆更多時候的態度就是聽之任之。
所以，新疆發生叛亂之后，朝廷都會出現干脆放棄的聲音，但如果蒙古出現問題，朝廷從來沒人說可以放棄蒙古。
第三個，社會結構重組和統治方式的調整。
蒙古和新疆都在清朝初期進行了社會組織結構改造，但清朝在這兩個地方的統治方式是完全不同的。
因為蒙古是清朝的“自己人”，所以蒙古編旗治理是模仿滿洲八旗的方式，清朝的統治要更加直接，延伸到基層社會的程度更為深入。而新疆不同，清朝在新疆的統治方式接近于委托式治理。也就是說，只要駐軍保證基本秩序就可以，一般的民政和社會管理，都是交給當地的社會精英來代替朝廷完成的。可以總結為四個字，統而不治。
但是，在晚清時期，這個情況發生了變化。
恰恰是因為新疆發生了大規模叛亂，整個新疆原來的社會結構和統治體系完全被打碎了，所以，左宗棠率軍平叛的同時，也重建了新疆的統治體系，為之后的建省做好了前期準備工作。可以說，沒有叛亂，沒有左宗棠平叛，新疆建省就不大可能。
不要小看建省。建省是中央對地方的控制加強的重要過程，意味著統治更為直接，也更接近現代國家對地方的治理模式。
但是蒙古沒有經歷這個過程。所以蒙古一直維持著前現代的治理模式，仍然是朝廷冊封蒙古王公，由蒙古王公代表朝廷管理本部老百姓，朝廷只關心的目標就是兩個，第一，保持穩定，不發生叛亂，第二，沒有外部勢力插手。對老百姓，死活都無所謂。
第四，清朝滅亡時的治理體系和官僚體系不同。
這是接著上一條談。正因為新疆建省了，所以朝廷對新疆加強了控制，建立了比較完整的治理體系，中央下來的官僚體系一直延伸到縣一級，而這個官僚體系基本上是由漢人充任的，這也是在辛亥革命之后，楊增新能夠迅速控制新疆局勢的基礎條件。楊增新、金樹仁和盛宣懷時期，新疆不是沒有遇到過危機，也遇到過，但是因為各地都有漢人官僚體系，所以不是上層想怎么樣就能怎么樣的。
但是蒙古沒有經歷這個過程。到辛亥革命發生的時候，蒙古的漢人很少，而且主要集中在現在遼西、冀北這一帶，也就是比較適合墾殖發展農業的地區，外蒙完全談不上，也沒有完善的中央管理體系，所以，一旦上層王公決定獨立，或者投靠外部勢力，遇到的阻力就很小。
所以，總體而言，新疆和蒙古之間，中國能否延續統治，其實就是差了一次大規模的叛亂和平叛。
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