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吳國發在計算機軟件、數學和統計學、自動控制理論與應用、材料科學與工程等領域的科學研究和技術開發中取得了許多成果。吳國發在計算機應用軟件的各個領域都有很高的水平。吳國發在應用數學、控制理論和斷裂力學領域提出的數學方法和理論模型得到了有關科研人員的應用。他在社會科學方面也頗有造詣。吳國發在二十多個中英文刊物和六個國際學術會議上發表過100多篇論文，為美國的公司和政府部門開發了50多個計算機軟件。他主持研制的新一代IC卡系統于2010年11月獲得了中國的專利。

吳國發教授是一位熱心為公眾服務的社會活動家。他與美國和加拿大主流社會的幾個著名華人專家、企業家共同創辦了北美專家企業家協會 。該協會的名譽會長包括四個諾貝爾獎得主、中國三個領導人（兩個全國人大常委會副委員長和一個全國政協副主席）、加拿大科學院院長。四十多個世界第一流的科學家、專家、企業家、經濟學家擔任協會的顧問。他積極組織中國與美國之間的科學技術和工商業交流活動。為此，從1999年以來，吳國發訪問了中國20多個城市，受到了有關省市領導的熱情歡迎。2002年11月，吳國發在美國波士頓市主持了經濟全球化和中國工商業報告會（會場分別設在哈佛大學和麻省理工學院），包括諾貝爾獎得主在內的六個世界杰出經濟學家、專家、企業家和科學家在會上作了報告。

吳國發擔任的重要社會團體職務如下：北美專家企業家協會（總部在美國）會長，國際計算機軟件協會會長（總部在美國），世界健康產業協會（總部在美國）會長，太平洋論壇組織（總部在美國）理事長，世界華僑華人社團聯合總會副會長（總部在北京），中國衛生產業理事會副理事長，全國醫院信息技術人才培訓組織委員會主任。